この博物院は、1960年代から1970年代に中華人民共和国で起きた文化大革命における文化財の組織的破壊から、貴重な歴史的遺産を保護するという役割を担ったが、同時に中華民国政府が中国 (China) の唯一合法的な政府であることの象徴と、日本の統治から離脱したばかりの台湾において中華ナショナリズムを強調するための装置としても中華民国政府に利用されていた。そのために現在では、早期の台湾独立を求める泛緑連盟勢力の一部から「『台湾国独立』と引換えに故宮博物院の文物を紫禁城に返そう」という主張が出ているが、実現の可能性はほとんど無い。2016年9月には台北故宮博物院院長退任直後の馮明珠が中台一体化の演出を狙う中華人民共和国政府の招聘で北京故宮博物院顧問に就任して台湾国内で物議を醸した[
2001年より大規模な耐震・改装工事が行われ、館内の一部が閉鎖されていた。工事は2006年12月末に完了し、2007年2月8日より全館が一般公開された。
展覧館は年中無休、一般入場料は250台湾ドル。図書文献館は日曜祝祭日休館で閲覧証持参者は閲覧無料である。
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